Le dodici sale visibili della sezione archeologica, il cortile interno, la struttura sobria e magnifica del Castello progettato da Riccardo da Lentini per Federico II costituiscono un emblema del pensiero pagano-esoterico di questo Imperatore. L’ottagono è la forma dominante, nel complesso e nelle singole parti, a scandire la perfezione del cosmo. Le raccolte vanno dall’età arcaica all’ellenismo e alla romanità. Tra gli oggetti esposti sono di particolare bellezza gli efebi, i bronzetti, le ceramiche attiche.
Ma visibile è solo una parte davvero troppo piccola delle opere di proprietà del Museo. La pinacoteca espone pochi quadri di soggetto cristiano -Niger e Ribera soprattutto- e due grandi dipinti del caravaggesco Matthias Stomer dedicati alla morte di Catone e a quella di Seneca.
Nonostante la trascurata gestione del luogo, il Castello di Federico rimane -insieme all’ex monastero dei Benedettini- l’edificio più prezioso di Catania.